این تحقیق به بررسی مشکلات اجرای حسابداری تعهدی دردانشگاه ها و موسسات آموزش عالی کشور می پردازد. با توجه به ماده 49 قانون برنامه توسعه چهارم و بند ب ماده 20 قانون برنامه توسعه پنجم دانشگاه ها و موسسات آموزش عالی از کلیه قوانین و مقررات از جمله قانون محاسبات عمومی، خدمات کشوری و غیره مستثنی بوده و تابع آیین نامه های مالی و معاملاتی مصوب هیات های امنای خود می باشند. بر طبق مفاد ماده 54 آیین نامه مالی و معاملاتی مصوب سال 1383 و ماده 41 مصوب 1391 کلیه دانشگاه ها موظف بوده اند تا پایان سال 1392 حسابداری تعهدی را در دانشگاه ها اجرا نمایند لیکن از سال 1384 تاکنون این امر به دلایل مختلفی صورت نگرفته است. این تحقیق به دنبال بررسی مشکلات اجرای حسابداری تعهدی در دانشگاهها به عنوان مراکز علمی و پیشرو می پردازد. پس از بررسی ادبیات و نوشتارها تعداد 30 عامل به عنوان مشکلات اجرایی در سه طبقه شامل بسترهای لازم، حمایت مدیران و اشنایی و تخصص پرسنل بررسی گردید. تحقیق با استفاده از ارسال تعداد 160 پرسشنامه برای مدیران مالی و کارشناسان صورت گرفت. نهایتا از میان پرسشنامه های دریافتی تعداد 118 پرسشنامه قابل قبول تشخیص داده شد. تحقیق با استفاده از آزمونهای آماری دو جمله ای و تی استیودنت صورت گرفت. نتایج تحقیق ضمن تایید فرضیه ها و شناسایی 16 عامل نشان می دهد که عدم حمایت مدیران عالی دانشگاه ها به عنوان مهم ترین عامل در اجرای حسابداری تعهدی می باشد. بستر سازی لازم و آموزش پرسنل به ترتیب به عنوان دومین و سومین مشکل اجرای حسابداری تعهدی شناسایی گردیدند.